El 1967 Pau Sendrós va fer donació a l’ajuntament de Martorell de la seva propietat de l’església de Santa Margarida i del monestir de Sant Genís de Rocafort i dels terrenys adjacents. Malgrat això, el 1972 ambdós llocs es trobaven en un estat d’abandonament total.

La descoberta de nova documentació per part de l’historiador Antoni Pladevall, que bandejava de forma definitiva l’atribució de l’antic monestir i del priorat com a una propietat templera, així com el mal estat del conjunt dels edificis, va moure diverses persones a iniciar treballs de neteja i condicionament concentrats especialment a la masia i l’església de Santa Margarida.

Un cop fets els primers treballs, es va aixecar el plànol de l’església de Santa Margarida i es van obrir diverses cales al seu interior. Els primers resultats van permetre identificar tres punts que havien estat objecte d’excavació i posteriorment reomplerts, probablement per Francesc Santacana, aprofitant les darreres obres de condicionament de la capella fetes el 1877, moment en el qual va recollir també diversos materials del priorat que va incorporar al seu museu particular, en aquelles dates en procés de creació.

En un segon moment es va obrir una rasa paral·lela al mur exterior sud de l’església, mentre es prosseguien els treballs d’excavació a l’interior. Tot plegat va permetre constatar la seqüència de transformacions de l’església des de l’època romànica fins a la destrucció de 1936, alhora que es constatava l’existència d’un temple anterior que per la seva tipologia s’identificava com d’època paleocristiana.