El setembre de 1981, després del traspàs de competències de Cultura a la Generalitat de Catalunya,  es farà la primera campanya anual d’excavacions programades a l’església de Santa Margarida, sota la direcció de la Dra. Rosario Navarro i el Dr. Alfred Mauri. Es normalitza així la recerca, que es farà en col·laboració amb la Universitat de Barcelona i que en els anys següents comptarà amb el suport econòmic de l’Ajuntament de Martorell i de la Generalitat de Catalunya.

La incorporació de la Dra. Rosario Navarro donarà lloc a la millora del sistema de registre arqueològic amb l’aplicació de les innovacions metodològiques desenvolupades per l’arqueòleg Eduard Harris i apreses per ella a Itàlia, amb l’arqueòleg Andrea Carandini. El registre arqueològic dels treballs anteriors s’adaptarà també a la nova metodologia.

Les primeres campanyes es faran al costat exterior sud de l’església, constatant no solament la presència d’altres estructures vinculades a l’església primitiva, sinó també la seqüència estratigràfica que correspon a les fases de necròpolis i d’habitat al seu entorn. Els anys següents l’excavació s’estendrà progressivament a tots els costats de l’edifici i retornarà també a l’interior de l’església fins a completar-ne l’excavació. Al llarg d’aquest període s’incorporarà Montserrat Farreny a la direcció de l’excavació.

L’any 2010, a conseqüència de les obres de modificació dels peatges i accessos a l’autopista AP-7 a Martorell, s’excavaran dos sectors fora dels que s’havien excavat fins aleshores, en un cas sota la direcció de Pablo del Fresno i en un altre sector a càrrec de Roser Arcos.

Serà en aquest període també quan s’iniciarà la informatització, inicialment amb el desenvolupament  de bases de dades per a la documentació dels materials arqueològics, restes antropològiques i registre d’Unitats Estratigràfiques i la incorporació a partir de 1993 de l’ús d’un Sistema d’Informació Geogràfica que portarà fins a un desenvolupament tecnològic compartit amb altres projectes i que avui identifiquem com a sistema Horai, a l’entorn del qual s’articulen els diferents instruments de gestió, d’anàlisi i d’explotació de la informació.

Aquest període comportarà, especialment a partir de 2009, un salt qualitatiu destacat tant pel que fa a l’extensió de l’excavació com en els aspectes tecnològics, amb la incorporació de recursos digitals 3D, també adreçats a la divulgació i a la comunicació, complementats amb la creació de l’espai Jaume Amat  a la masia de Santa Margarida, com a exposició permanent sobre el jaciment de Santa Margarida i la seva contextualització dins el priorat de Rocafort.